ארכיון קיפניס אוצר ארבעה סוגי אוספים:
1. כתבי יד אותנטיים, שנשתמרו אצלנו בקורפוסים שלמים, מעזבונותיהם של סופרי הילדים אשר יצרו את הקלאסיקה של ספרות הילדים העברית מראשיתה. בהם: לוין קיפניס, מרים ילן שטקליס, אנדה עמירפינקרפלד.
2. כתבי יד אותנטיים, שמייצגים קורפוסים חלקיים, שנמסרו למרכז קיפניס, מיצירותיהם של סופרי ילדים ונוער עבריים חשובים. בהם: ישראל ויסלר[פוצ'ו], ע. הלל, נורית זרחי .
3. איורים מקוריים של אמנים, תעודות, מסמכים ומוצגים הקשורים בתולדות ספרות הילדים העברית.
4. אוסף נדיר של מקראות עבריות שהעבר למרכז קיפניס על ידי אליהו הכהן, ובו מיוצגות 200 שנות המקראה העברית (1988-1798). המקראות מעידות על תהליכי החייאת השפה העברית בתפוצות השונות כמאה שנה לפני מפעלו של אליעזר בן יהודה, על הדרכים השונות בהן לימדו את ילדי ישראל לקרוא עברית, להכיר את היצירה היהודית לדורותיה: מקרא, מדרש ואגדה וספרות עברית, ולאהוב את ארץ ישראל.